خامنه‌ای چهارشنبه ۲۵ تیر، حدود ۲۰ روز پس از اعلام آتش‌بس، برای اولین بار در دیدار با مسئولان قوه قضاييه سخنرانی کرد. رهبر جمهوری‌اسلامی گفت اسرائیل را «سرطان» و آمریکا را به خاطر حمایت از اسرائیل «جنایتکار» می‌داند، اما به استقبال و پیشواز جنگ نرفته است. او با اشاره به کمک آمریکا در جنگ ۱۲ روزه به اسرائیل، مدعی شد اسرائیل «خم شده و به زمین چسبیده بود» و به همین علت به آمریکا «متوسل» شد.
خامنه‌ای با بیان اینکه در زمان پهلوی، مسئولان وقت «حتی در خفا و جلسات خصوصی نیز جرأت اعتراض به آمریکا را نداشتند» گفت اکنون در جمهوری‌اسلامی، مقامات نه تنها از آمریکا «نمی‌ترسند»، بلکه آمریکا را «می‌ترسانند»، او این موضوع را ناشی از «اراده ملی» توصیف کرد.
او حمله به پایگاه العدید آمریکا در قطر را «ضربه متقابل» توصیف و تاکید کرد: «مرکز مورد تهاجم ایران مرکز فوق‌العاده حساس آمریکا در منطقه بود و هر گاه سانسورهای خبری برطرف شود مشخص خواهد شد که ایران چه ضربه بزرگی وارد کرده است.»
دوم تیر، نیویورک تایمز به نقل از سه مقام ایرانی گزارش داد که جمهوری اسلامی پیش از انجام حملات به پایگاه‌های آمریکا در قطر، این حملات را با مقامات قطری هماهنگ کرده بود تا تلفات به حداقل برسد؛ این موضوع را دونالد ترامپ، رئیس جمهوری آمریکا نیز تایید کرد.
خامنه‌ای در ادامه با اشاره به این حملات گفت: «البته ضربه‌ای از این بزرگ‌تر هم می‌توان به آمریکا و دیگران وارد کرد.» رهبر جمهوری‌اسلامی، در این سخنرانی و سخنرانی‌های دیگر، معمولا به صراحت درباره هدف قرار دادن اسرائیل با عنوان «رژیم صهیونیستی» یاد می‌کند، اما مشخص نیست اشاره او به «دیگران» در این سخنرانی، کدام کشورها است.
مقامات اسرائیلی هشدار دادند توان موشکی جمهوری‌اسلامی حتی اروپا را تهدید می‌کند و از طرفی روزنامه فایننشال تایمز، از بروز ترس و نااطمینانی عمیق در پایتخت‌های کشورهای حاشیه خلیج فارس پس از جنگ ۱۲ روزه خبر داده است.
ادعای شکست طرح براندازی جمهوری اسلامی
رهبر جمهوری‌اسلامی با تمجید از آنچه «بروز امر ملی» در جریان جنگ ۱۲ روزه خواند، گفت همین موضوع را «مانع تحقق نقشه دشمن» دانست و مدعی شد نقشه «متجاوزان» آن بود که با حمله به «شخصیت‌ها و مراکز حساس» جمهوری‌اسلامی ضعیف شود و در این زمان با «به میدان آوردن هسته‌های خفته مزدوران» که او آنها را «منافقان و سلطنت‌طلبان» توصیف کرد، مردم را به خیابان بکشانند و «کار نظام را تمام کنند.»
خامنه‌ای تصریح کرد «خدا» این نقشه را بر هم زد و مردم را «به پشتیبانی از دولت و نظام» وارد میدان کرد. از ابتدای جنگ ۱۲ روزه، دستگاه رسمی و غیر رسمی تبلیغاتی جمهوری‌اسلامی در داخل و خارج از کشور، با استفاده از نمادهای ملی‌گرایانه، بر خلاف تمام عمر جمهوری‌اسلامی، تلاش کردند رویارویی جمهوری‌اسلامی و اسرائیل را با روایتی ملی‌گرایانه، رویارویی «ایران و اسرائیل» توصیف کنند.
اگرچه عمده اهداف اسرائیل در ایران، شامل انبارهای موشکی، مراکز سرکوب، ساختمان اداری زندان اوین و فرماندهان نظامی و گردانندگان برنامه هسته‌ای، همگی مراکز مورد استفاده جمهوری‌اسلامی و چهره‌های موثر، برای حمله به اسرائیل و سرکوب معترضان داخلی بوده است؛ معترضانی که از سال ۱۳۸۸، با شعار «نه غزه، نه لبنان/جانم فدای ایران» اعتراض خود را به سیاست‌های امت‌گرایانه و پرورش نیروهای نیابتی موسوم به «محور مقاومت» ابراز کرده بودند.
«وزن مذهبی متفاوت»
در این سخنرانی، رهبرجمهوری‌اسلامی، کلیدواژه جدیدی به‌کار برد و با تمجید از اتحاد افرادی با «وزن مذهبی متفاوت» در جهت حمایت از جمهوری اسلامی که دیدگاه آنان بعضا متفاوت هم هست، دستور داد همه، از روزنامه‌نگار تا مقامات دولتی و امامان جمعه، از اتحادی که او از آن یاد کرد «صیانت» کنند.
خامنه‌ای گفت «وزن مذهبی متفاوت» و دیدگاه‌های متضاد این افراد منافی کنار هم ایستادن آنان برای دفاع از «ایران عزیز و نظام اسلامی» نبود و برای حفظ این «اتحاد ملی»، باید «مغالطات» رفع و از به میان کشیدن ایرادهای «غیر لازم» خودداری شود.
در زمان جنگ ۱۲ روزه و پس از اعلام آتش‌بس، جریان موسوم به اصلاح‌طلب و جریان اصولگرا، یکدیگر را متهم کردند. اصلاح‌طلبان، اصولگرایان را به جنگ‌طلبی و ایجاد هزینه برای نظام متهم و در مقابل، اصولگرایان اصلاح‌طلبان را به نشان دادن ضعف در مقابل «دشمنان» به خصوص در موضوع مذاکرات متهم کردند. این اختلافات در حالی است، که رهبر جمهوری اسلامی، اصلاح‌طلبان را یکی از دو بال نظام می‌داند و پیش‌تر تاکید کرده است اگر محمد خاتمی نبود، خود او «جناح چپی» ایجاد می‌کرد تا تعادل در جمهوری اسلامی برقرار شود.
حمایت از دیپلماسی زیر تهدید آتش‌بس شکننده
خامنه‌ای که در اوایل آغاز به کار دور دوم ریاست‌جمهوری دونالد ترامپ، مذاکره با آمریکا را «غیر شرافتمندانه و غیر هوشمندانه» توصیف کرده بود و پیش از آن نیز در دور اول ریاست‌جمهوری ترامپ، وعده «نه جنگ، نه مذاکره» داده بود، اکنون به نقش دیپلماسی در ساختار جمهوری‌اسلامی اشاره کرد.
او در سخنان خود ضمن تاکید بر ضروری بودن اظهار وفاداری به نظام و تایید و حمایت از سیاست‌های کلی، بر استمرار فعالیت دستگاه‌های مسئول نظامی و دیپلماسی تاکید کرد و به انتقادات از این بخش‌ها اشاره کرد و گفت: «نمی‌گوییم اعتراض خود را مطرح نکنند اما اعتراض و انتقاد باید با لحن قابل قبول و پس از تحقیق و اطلاع‌یابی انجام شود چرا که گاهی برخی اظهارات و اعتراض‌هایی که در رسانه‌ها منعکس می‌شود، ناشی از بی‌اطلاعی است.»
اصلاح‌طلبان به حملات جریان اصولگرا در صداوسیما و همچنین رسانه‌های منسوب به خامنه‌ای انتقاد دارند. خامنه‌ای همچنین با تایید «شور و هیجان عمومی مردم بخصوص جوانان» تاکید کرد: «اما بی‌صبری و پا به زمین کوبیدن و اعتراض به اینکه چرا فلان کار انجام نشد، مضرّ است.»
۱۴ تیر، عبدالرحیم موسوی، رئیس ستاد کل نیروهای مسلح گفت طرحی برای حمله اسرائیل که «بیچاره کننده» بود به دستور خامنه‌ای آماده شده بود اما با آتش‌بس فرصت اجرایش فراهم نشد. این سخنان موسوی، به سرعت مورد استفاده نیروهای اصولگرا قرار گرفت و دولت و عباس عراقچی را بابت آتش‌بس، مورد سرزنش قرار دادند.
اکنون نیز، نیروهای اصولگرا، در مخالفت با تداوم مذاکرات، به تجربه پیشین مذاکرات اشاره و تاکید دارند زمانی که اسرائیل به جمهوری اسلامی حمله کرد نیز، مذاکرات در جریان بود.