با اشغال آذربایجان توسط روسها، آذربایجان نه تنها نتوانست در تعین ساختار نو اداری، اجتماعی و فرهنگی « ایران نو» نقشی داشته باشد بلکه با سیاستهای دولتهای « ایران نو » از ایالت اول ممالک محروسه قاجار به یک ایالت اشغال شده منزوی تبدیل شد. با این اقدام خیال روس و انگلیس از بابت فشار به تهران راحت شد چرا که منبع قدرتمندی مانند آذربایجان را از گردونه ضدیت با استعنار خارج کرده بود.
24 ذیقعده 1329/ 24 آبان 1290 دولت ایران علیرغم میل مجلس، اولین اولتیماتوم روسها برای اخراج کارشناس مالی دولت ایران، مورگان شوستر آمریکایی ، و تعهد دولت ایران به کسب توافق با دولتین روس و انگلیس برای استخدام مستشار خارجی را قبول کرد. 7 ذیحجه 1329 / 7 آذر 1290 در طی دومین اولتیماتوم روسها، انجمن تبریز که آن موقع در اشغال روسها بود، در مخالفت با این اولتیماتوم بیانیه داده و مردم تبریز علیه روسها به تظاهرات پرداختند.
29 ذیحجه 1329/ 29 آذر1290 دولت ایران اولتیماتوم روسها را قبول کرده و جنگی نابرابر میان مجاهدین آذربایجانی با قوای مجهز روسیه تزاری روی داد که چهار روز طول کشید. 2 محرم 1330/ 1 دی 1290 محل انجمن تبریز اشغال و ویران شد. 4 محرم 1330/3 دی 1290 با حملات روسها انجمن ایالتی تبریز منهدم شد و بدین ترتیب کار انجمن تبریز و نهایتا انجمنهای کل آذربایجان به اتمام رسید. 5 محرم/ 4 دی 1290کل تبریز به تصرف روسها درآمد.
روسها پس از تسلط كامل بر تبريز ، به مجاهدان مسلح تبريز فرمان دادند يا تبريز را ترك كنيد و يا اينكه اسلحه هايتان را به ما تحويل دهيد. از آنطرف ، روسها قشون جديدي وارد تبريز كردند.
به هر حال تعدادي از مجاهدان تسليم شده و عده‌اي نيز تصميم به مهاجرت به سلماس گرفتند كه آنروزها كانون آزاديخواهان آذربايجان شمرده مي شد.قصد آنان پناهندگی به عثمانی بود. از مجاهدین آذربایجانی جمعی در تبریز مانده و بر ادامه جنگ تاکید کردند.
در ادامه حملات روسها، ثقه الاسلام تبریزی علیه روسها اعلام جهاد داده که عاقبت الامر روسها با دستگیری وی و بدار كشيدن ثقه الاسلام ، دو پسر علي موسيو، شیخ سلیم، ضیا العلما، محمد قلی خان دایی ضیاالعلما، صادق الملک، آقا محمد ابراهیم قفقایچی در عاشورای 1330/ 10 دی 1290 نفرت خود را از مردم آزاده نشان دادند . چند روز بعد روسها يك آزادیخواه سلماسي به نام ميرزا محمود سلماسي را در تبريز کشتند.
پس از انقلاب اکتبر روسیه، دولت شوروی هیئتی را به تبریز اعزام کرد و به عنوان عذرخواهی دسته‌گلی بر مزار ثقه الاسلام گذاشتند. دو سال قبل منبر و عصای شهید ثقه‌الاسلام و مهرهای خاندان آن زنده‌یاد در یکی از روستاهای دوردست شهرستان ورزقان استان آذربایجان‌شرقی یافت شد.