او روز چهارشنبه 14 خرداد، در مراسم سالگرد درگذشت روح‌الله خمینی، بنیان‌گذار جمهوری اسلامی، با انتقاد شدید از موضع واشینگتن در قبال برنامه هسته‌ای ایران گفت: «پاسخ ما به یاوه‌گویی آمریکا معلوم است: نمی‌توانند در این مورد هیچ غلطی بکنند.»
خامنه‌ای با اشاره به نقش کلیدی غنی‌سازی در برنامه هسته‌ای ایران افزود: «غنی‌سازی اورانیوم کلید مسئله هسته‌ای است و دشمنان هم روی همین موضوع تمرکز کرده‌اند.» او پیشنهاد ارائه‌شده از سوی آمریکا با میانجی‌گری عمان را «صد درصد ضد شعار ما می‌توانیم» توصیف کرد.
رهبر جمهوری اسلامی خطاب به مقامات آمریکایی گفت: «چرا دخالت می‌کنید که ایران غنی‌سازی داشته باشد یا نداشته باشد؟ به شما چه! شما چه‌کاره‌اید؟»
او همچنین ادعا کرد که هدف اصلی ایالات متحده از فشار بر برنامه هسته‌ای ایران، «جلوگیری از استقلال علمی» جمهوری اسلامی و وابسته‌کردن آن به غرب است. به گفته خامنه‌ای، «حرف اول آمریکا این است که ایران صنعت هسته‌ای نداشته باشد و به آمریکا احتیاج پیدا کند.»
این اظهارات در حالی مطرح می‌شود که مذاکرات میان ایران و آمریکا درباره آینده برنامه هسته‌ای تهران با میانجی‌گری عمان ادامه دارد.
کشورهای غربی نسبت به احتمال نزدیک‌شدن ایران به آستانه تولید سلاح هسته‌ای ابراز نگرانی کرده‌اند، اما تهران همواره تأکید کرده که برنامه‌اش صرفاً صلح‌آمیز است.
واشینگتن پیشنهاد کرده است که ایران می‌تواند با انتقال ذخایر اورانیوم غنی‌شده به کشوری دیگر و توقف فرایند غنی‌سازی در خاک خود، به فعالیت صلح‌آمیز هسته‌ای ادامه دهد