این اعدام که بدور از هرگونه روند قانونی و عادلانه اجرا گشته موجب واکنش‌های فراوان از سوی نهاد‌های حقوق بشری و شهروندان معترض شده‌است. از جمله سازمان حقوق بشر ایران در اطلاعیه‌ای اعدام محسن شکاری را محکوم کرد و خواهان اقدام فوری جامعه جهانی برای توقف اعدام معترضان شد.
محمود امیری‌مقدم، مدیر این سازمان حقوق بشری اعلام کرده است : «اعدام محسن شکاری پس از محاکمه‌ای شتابزده، ناعادلانه و بدون در اختیار داشتن وکیل صورت گرفته است».