این مسجد که در قرن هفدهم در روستای مالی‌بَیلی شهر شوشا احداث شده، مانند سایر مساجد و بناهای تاریخی آذربایجان در قره باغ، در دوران اشغال توسط ارمنی‌ها به عنوان طویله مورد استفاده قرار گرفته است.
مناره مسجد مالی‌بَیلی در سال 1992 توسط نیروهای ارتش ارمنستان منفجر شد و سقف آن در چندین نقطه سوخته و تخریب شد. این نمونه دیگری از وندالیسم ارامنه بر علیه بناهای مذهبی، تاریخی و فرهنگی آذربایجان است.
مسجد مالی‌بَیلی از بزرگ‌ترین مساجد قره باغ و دارای سبک معماری منحصر به فردی است.
پیشتر مناظر مشابه در بسیاری از مناطق آزاد شده قره باغ نیز دیده شده بود و ارامنه مساجد آذربایجان را به طویله و خوکدانی تبدیل کرده بودند.
