Üstündəki daş kitabədən bəlli olur ki, Şeyx Cüneydin məzarı üzərində 1544-cü ildə – I Şah Təhmasibin hakimiyyəti dövründə onun vəziri Xacə Fəxrəddin türbə tikdirmişdir. Şirvan bölgəsi üçün səciyyəvi olmayan bişmiş kərpicdən tikilmiş Şeyx Cüneyd türbəsi quruluşca Ərdəbildəki Şeyx Cəbrayıl türbəsinin bir az sadələşdirilmiş variantı təsiri bağışlayır.
Türbə düzbucaq formasında olub, günbəzlə örtülü mərkəzi məkan, ikiqatlı iki künc otağı və ibadət salonundan ibarətdir. Onun tikintisini, yəqin ki, Şah Təhmasibin Təbrizdən göndərdiyi bir saray memarı aparmışdır. Türbənin interyerinə iriölçülü stalaktitlər xüsusi əzəmət vermişdir. İç divar səthləri 1,50 metrə qədər firuzəyi və bənövşəyi kaşı lövhələrlə örtülüdür. Bərpa işləri zamanı aşkar edilmiş bəzək fraqmentləri interyerin daha zəngin bəzədildiyini göstərdi. Türbənin bayır divar səthlərində göy şirəli kərpiclərdən yığılmış azsaylı və sadə naxışlar olmuşdur.
Türbənin memarlığında dərin eyvan kimi fasada çıxarılmış mərkəzi məkanın oxlarında yerləşən baştağlar önəmli rol oynayır. Şeyx Cüneyd türbəsi monumental Səfəvi türbələrinin kamil nümunələrindən biridir