منوچهر همچنین یکی از مؤسسین اولین تشکل دانشجویی حقوق بشری پس از انقلاب فرهنگی در سال ۱۳۷۶ خورشیدی بنام کمیته دفاع دانشجویی از زندانیان سیاسی است که منجر به هدایت جنبش بزرگ دانشجویی-صنفی در دانشگاه تهران و به دنبال آن هدایت آن جنبش از سوی اکبر محمدی در دانشگاه بهشتی (ملی سابق) برای ایجاد شورای صنفی-دانشجویی که در نهایت نیز در سال ۱۳۷۷ خورشیدی منجر به پیروزی و قانونی شدن آن شورای صنفی در سراسر دانشگاه‌های ایران شد.
منوچهر متهم ردیف اول جنبش اعتراضی بزرگ سیاسی-دانشجویی بنام جنبش کوی دانشگاه تهران در ۱۸ تیر ۱۳۷۸ خورشیدی است و زندانی سیاسی در زندآنهای ایران از جمله زندان اوین به مدت هفت سال و دو ماه به همراه برادرش اکبر محمدی. منوچهر سیزده ماه و اکبر بیست و پنج ماه از هفت سال و دو ماه حبس شان را در سلول های انفرادی با شدیدترین شکنجه های جسمی و روانی سپری کرده اند.
منوچهر همچنین یکی از مؤسسین جبهه ائتلافی سکولار دانشجویی بنام جبهه متحد دانشجویی در سال ۱۳۷۶ خورشیدی در داخل ایران و یکی از مؤسسین اولیه جبهه دموکراتیک ایران در داخل ایران و دبیر فعلی جبهه دموکراتیک ایران در بیرون مرز و همچنین نماینده جبهه درون و برون مرز در شورای دموکراسی خواهان ایران است.
بازداشت های متداوم همراه با شکنجه های مختلف روانی و جسمی دیگر اعضای خانواده منوچهر از جمله پدر و مادر ، خواهر و دیگر برادرش از شکنجه های روحی و روانی ای بود که در تی سالها از طرف رژیم به منوچهر و خانواده اش تحمیل شد.
پس از گذشت سالها سرکوب مخالفین, منوچهر و برادرش اکبر محمدی مجددا شیوه اعتراضی اعتصاب غذا در زندآنها از جمله در زندان اوین را کلید زدند . اکبر محمدی در سیزدهمین بار اعتصاب غذا در طول هفت سال و دو ماه حبس خود بود که در بهداری زندان اوین، در زیر شکنجه های قرون وسطایی، آنهم با دست ها و پاهای بسته به تخت بهداری و آنهم با همه مقاومت ها به طرز مشکوکی به قتل رسید. اکبر محمدی در همه فعالیت های بالا با منوچهر همکاری داشته و همواره نقش اول و یا دوم را ایفا کرده بود تا اینکه در سال ۱۳۸۴ خورشیدی پس از تحمل هفت سال و دو ماه حبس بجای معالجه در بهداری زندان اوین در زیر شکنجه های قرون وسطایی آنهم با دست‌ها و پاهای بسته به تخت بهداری به طرز وحشتناک و فجیعی به قتل رسید. اعضای خانواده شهید اکبر محمدی، آمران این قتل را به ترتیب ۱- رهبر روانی خامنه ای ۲- رئیس جمهور وقت احمدی نژاد عامل انکار فاجعه هولوکاست ۳- محسنی اژه ای وزیر اطلاعات وقت احمدی نژاد میدانند و همه آنان نیز در انتظار محاکمه عادلانه این جانیان پس از آزادی ایران هستند.
منوچهر محمدی، کنشگر سیاسی و فعال دانشجویی پیشین که پس از واقعه ۱۸ تیر ۱۳۷۸ به همراه برادرش، اکبر محمدی، بازداشت و به عنوان متهمان ردیف اول و دوم پرونده کوی دانشگاه نخست به اعدام و سپس به ترتیب به ۱۵ سال و ۱۳ سال زندان محکوم شدند
آقای محمدی، جنبش ۱۸ تیر ۷۸ را نخستین و آخرین جنبش واجد خصلت‌های «رادیکال» و «ساختاری» می‌داند که «همه شعارهایش ساختارشکنانه بود و به دنبال اصلاح نبود.» او ناآرامی‌های کوی دانشگاه را جنبشی توصیف می‌کند که «جاذبه داشت و توجه بسیاری از مردم عادی از همه اقشار و اصناف و اپوزیسیون فعال خارج از حوزه دانشجویی و دانشگاهی را به خود جلب کرد و سپس آنها را به خود جذب کرد.»
این فعال سیاسی جنبش دانشجویی کنونی را نیز «پویا و قدرتمند» می‌داند که اکنون «به دیگر جنبش‌های ساختاری» پیوسته است، اما سکوت آن همیشگی نیست، بلکه «در زمان مناسب سر بر خواهد آورد.»
به گفته منوچهر محمدی، «ذات جنبش دانشجویی در این است که به مثابه آتش زیر خاکستر» به محض وزیدن باد، «خاکسترها کنار زده خواهد شد و آتش فوران خواهد کرد»، هرچند که «رژیم فکر می‌کند توانسته با بی‌رحمی ذات جنبش جنبش دانشجویی را خاموش» کند، اما «ذات پویا و فعال» این جنبش «به موقع خود را در حالت‌های مختلف نشان خواهد داد» و «نظام دیکتاتوری و توتالیتر را به چالش خواهد کشاند.»
