پس از ابوسعید دولت تیموری تجزیه شده و عمر شیخ میرزا پدر ظهیرالدین محمد بابر حکومت فرغانه را در دست گرفته بود.
پس از او در ۱۴۹۴ فرزندش بابر تنها در حالی که یازده ساله بود به حکومت رسید.
بابور در طی جنگ های پراکنده ماوراءالنهر اگرچه دوبار سمرقند را تسخیر کرد ولی مجبور شد تا آنجا را به شیبک/محمد شیبانی که بیابان‌گرد بی تجربه‌ای بود اعاده کند.
بابور بعد از دست دادن سمرقند به کوه‌های پامیر رفته و بدون تاج و تخت در آنجا ماند. بعدتر عده‌ای از شاهزادگان تیموری که از شیبانیان شکست خورده بودند اندک اندک به پامیر رفته و در اطراف او جمع شدند.
بابور در ۱۵۰۴ با گرد آوردن سپاهیانی کابل را فتح کرد، لکن چشم او همچنان در اراضی قدیمی تیموریان بود که اشغال بلخ در ۱۵۰۵ و هرات در ۱۵۰۷ او را مأیوس ساخت.
او سپس حمله شیبک به قندهار را دفع و خود را در کابل پادشاه اعلام کرد.
در ۱۵۱۰ در طی جنگی که بین دولت ترک صفویه و شیبانیان به وجود آمد، شاه اسماعیل اول شیبانیان را تار و مار و شیبک را کشته و به سان پادشاهان ترک قبل از اسلام از جمجمه او قدح ساخت و در آن شراب نوشید.
با ظهور صفویان یأس بابور به امید تبدیل شده و با کمک صفویان دوباره به ماوراءالنهر حمله و سمرقند را در ۱۵۱۱ فتح کرد.
اندکی بعد به دلیل جنگ صفویان با عثمانی ها، سمرقند دوباره به حملات شیبانیان معروض مانده و بابور که بدون شاه اسماعیل قادر به جنگ با آنها نبود، ماوراءالنهر را برای دگر بار ترک کرد.
او که دیگر امیدی به بازپسگیری سرزمین های اجدادی اش نداشت، این بار متوجه هندوستان گردید. در ۱۵۲۶ در جنگ پانیپات با سلطان نشین دهلی، دهلی و آگرا را فتح کرد.
یکی از دلایل پیروزی وی علی‌رغم کم بودن تعداد عساکر، خرید سلاح های آتشین از عثمانی بود.
بدین ترتیب بابور در همان سال حکومت بابریان به مرکزیت آگرا را تأسیس کرد که هند شمالی و افغانستان را در دست داشت.
او پس از تشکیل حکومت راژپوت‌ها را که دوباره طغیان کرده بودند با کمک توپ و تفنگ سرکوب و حکومت خود را استحکام بخشید.
در ۱۵۳۰ پس از تعیین همایون پسرش به عنوان ولیعهد فوت نمود.
باید این را گفت که آمدن به هندوستان و عادت کردن به اقلیم، فرهنگ، سنت و غذاهای آن برای بابور و همراهانش بسیار سخت و به نوعی همچون مجبوریت بوده است.
همراهان وی این واقعه را یک سفر موقتی می‌دانستند ولکن به دلیل روحیه لجوجانه بابر مجبور به تسلیم گشته بودند.
اشعار ترکی وی جایگاه ویژه‌ای در ادبیات جغتایی دارد. کتاب وقایع یا بابرنامه مهم‌ترین اثر اوست.
همایون‌نامه قێزێل‌گۆل بدن، توْزۆک-ی جهانگیری از جهانگیر و تاریخ رشیدی میرزا حیدر دوگلات از دیگر آثار مکتوب دوره بابر است.
