با فروپاشی اتحاد جماهیر شوروی در سال 1991، ارمنی ها تلاش های خود برای اشغال منطقه استراتژیک خوجالی که صاحب تنها فرودگاه منطقه بود را آغاز کردند.
محاصره و حملات ارامنه به خوجالی در روز 25 فوریه 1992 به اوج خود رسید. ارمنی ها آن شب با حمایت تیپ 366 ارتش شوروی که در «خان کندی» مستقر بود، از سه سمت به سمت خوجالی حمله ور شدند.
آنان پس از اشغال خوجالی دست به کشتار جمعی غیرنظامیان آذربایجانی و شکنجه دردناک اسیران زده و خونبارترین قتل عام قرن بیستم را رقم زد.
در آن شب، 106 زن، 70 سالمند، 63 کودک و در مجموع 613 شهروند غیرنظامی آذربایجان به دست ارمنی ها قتل عام شدند. سازمان دیدهبان حقوق بشر معتقد است که این آمار ممکن است تا 1000 کشته نیز باشد. 487 تن نیز به شدت مجروح شدند که 76 نفر از آنان کودک بودند. ارامنه 275 آذربایجانی را نیز به اسارت گرفتند. 150 تن از آنان هنوز باز نگشته اند. در این قتل عام همچنین اعضای 8 خانواده به طور کامل کشته شدند. 25 کودک هر دو والدین و 130 کودک نیز یکی از والدین خود را از دست دادند.
سرژ سرکیسیان، رئیس جمهور ارمنستان که در آن دوره وزیر دفاع این کشور بود؛ در مصاحبه با روزنامه انگلیسی «توماس د وال» در این باره گفته است که “پیش از واقعه خوجالی آذربایجانیها فکر می کردند که ارمنیها به مردم عادی آسیبی نخواهند رساند. ما این ذهنیت را از بین بردی.“
دولت آذربایجان خواهان مجازات عاملان قتلعام خوجالی در چارچوب کنوانسیون های ژنو 1949، كنوانسيون منع و مجازات جرم نسلكشی، کنوانسیون منع شكنجه و ديگر رفتارها يا مجازات های بی رحمانه، غير انسانی يا اهانت آميز، ﻣﯾﺛﺎق ﺑﯾن اﻟﻣﻟﻟﯽ ﺣﻘوق ﻣدﻧﯽ و ﺳﯾﺎﺳﯽ، کنوانسیون حقوق کودک سازمان ملل متحد و دیگر معاهده های بین المللی در رابطه با نسلکشی و قتل عام است.
تا امروز پارلمان 15 کشور و 16 ایالت آمریکا؛ وقایع خوجالی را به عنوان نسلکشی شناسایی کرده اند.