معصومه ابتکار که بحران دریاچه اورمیه در دوره ریاست ایشان بر سازمان محیط‌زیست آشکار شد، در یادداشتی چنین نوشته است: «آن زمان یکی از کوه‌های اطراف دریاچه را به‌سرعت تخریب و قطعه‌سنگ‌های بسیار بزرگ را با مقدار زیادی خاک در دریاچه می‌ریختند تا بتوانند این جاده را ایجاد کنند. این کار در بخش میانی دریاچه که الان جاده شده انجام می‌شد و ارزیابی کارشناسان و صاحب‌نظران این بود که لطمه جدی به چشمه‌های کف دریاچه که احتمال می‌دادند منابع تأمین آب باشند، واردشده و همچنین امکان تبادل آب بین قسمت شمالی و جنوبی دریاچه را ناممکن می‌سازد، درحالی‌که چرخش آب و گردش هیدرولیکی آن برای ادامه حیات دریاچه ضروری بود.
در سال ۷۹ به این نتیجه رسیدیم که اگر نظام مدیریت و روش تأمین حقابه و حفاظت دریاچه تغییر نکند، دریاچه خشک و تبعات سنگینی برای منطقه خواهد داشت؛ بنابراین از همان سال اعلام هشدار کردیم و اولین تأکید ما بر ارزیابی زیست‌محیطی سدهای منتهی به رودخانه‌های دریاچه اورمیه بود که به‌طورقطع بر ورودی آب به دریاچه تأثیر می‌گذاشت. ولی متأسفانه بخش‌های ذی‌ربط به‌خصوص استانی تا مدتی این واقعیت را انکار می‌کردند.»
ابتکار اعتراف می‌کند که عامل طبیعی باعث خشکی دریاچه اورمیه نبوده بلکه اقدامات دولت باعث این فاجعه شده، ولی سعی دارد تا خودش، دولت اصلاحات و حکومت مرکزی را از این اتهام مبرا ساخته و پادوهای استانی خودشان یا همان دُم‌های خودشان را مقصر قلمداد کند.
شاید ابتکار فراموش نکرده است که ما دانشجویان دانشکده فنی دانشگاه اورمیه باراهنمایی اساتید هیدرولیک و هیدرولوژی آن دانشگاه، دوم آبان سال ۸۰ همایش دریاچه اورمیه را در آن دانشگاه برگزار کردیم و علاوه بر خانم ابتکار، برخی از نمایندگان مجلس اورمیه، نماینده شهرستان میانه (از کمیسیون انرژی مجلس) و افراد دیگری مدعوین و مهمانان آن کنفرانس بودند. عیسی کلانتری دعوت ما را برای حضور در آن کنفرانس نپذیرفته و در پاسخ به کارشناسانی که سدسازی بی‌حساب‌وکتاب را از دلایل خشکی دریاچه عنوان می‌کردند، گفت که ما به سدسازی و توسعه کشاورزی نیاز داریم و معصومه ابتکار نیز در آن کنفرانس گفت که سدسازی از نقاط درخشان دولت است و نباید زیر سؤال برود.
آن روز فقط «انجمن آبخیزداری ایران» صدای ما را شنید و در نامه‌ای به رئیس‌جمهور خاتمی چنین گوشزد کرد: «این فاجعه در مورد دریاچه‌ای صورت می‌گیرد که کلیه حوزه‌های آبخیز آن در داخل خاک جمهوری اسلامی ایران قرار دارد و بهانه هرگونه اثرگذار دیگری برای نابودی‌اش وجود ندارد و در کلیه محاکم صالحه جهانی و نسل‌های آینده، به‌جز مسئولین سازمان‌های مختلف کشوری، مقصر دیگری را نمی‌توان برایش تعریف کرد.»
البته که ما منکر نقش مسئولان استانی در بحران دریاچه اورمیه نیستیم و خوب می‌دانیم که شهریاری (استاندار سابق آزربایجان غربی) توجهی به مصوبات ستاد احیای دریاچه اورمیه نکرده و طرح انتقال کارخانه قند مشهد به مهاباد را کلید زد. ولی مگر این افراد منتخبان ما هستند و گماشته همان مرکز فاسد و تبعیض‌گر نیستند که امثال ابتکار عامدانه می‌خواهند توپ را به زمین ما انداخته و خود از قبول قتلی که مرتکب شده‌اند، شانه خالی کنند؟
