كارخانه كاوه سودا در سال ۱۳۸۹ به دلیل شكسته شدن لاگونهای تبخیری آن برای تصفیه پساب و آلایندگی ناشی از نفوذ پساب آن به منابع آب زیرزمینی، مدتی تعطیل شد. در آن زمان حدود ۵۰۰ هكتار از اراضی كشاورزی شهرستان بناب و ۳۰۰ هكتار از اراضی كشاورزی مراغه به دلیل حادثه شكسته شدن لاگونهای كاوه سودا آلوده و نابود شدند.
این کارخانه متهم به آلودگی گسترده زیست محیطی در منطقه آذربایجان شرقی است و همچنین سالانه حدود ۳ درصد از آب دریاچه اورمیه را به مصرف میرساند، با این حال نسبت به آلودگی که تولید میکند اقدامات قابل قبول و کافی برای حفاظت از محیط زیست انجام نمیدهد.
طی بازدید اخیر کارشناسان مجمع فعالان زیست محیطی کشور (انجمن حمایت از حیوانات و محیط زیست ایران) از این کارخانه جلسهای با مسئولان استان آذربایجان شرقی در همان کارخانه برگزار شد که تمامی اتهامات خود را رد و همچنین کارخانه را دوستدار و سازگار با محیط زیست عنوان کرد!
کاوه سودا اعلام کرده است که در سالهای آینده تمامی موارد زیست محیطی را رعایت خواهد کرد اما مجمع فعالان زیست محیطی کشور معتقد است که کاوه سودا به دلیل این که در این موضوع شفافیت ندارد و منابع مالی آن را اعلام نکرده است، توانایی عملیاتی کردن این وعده را ندارد.