ایرنا گزارش داد امروز سه‌شنبه ۶ خرداد، محسن بهاروند، معاون حقوقی وزیر خارجه (رییس)، سیدرسول موسوی، دستیار وزیر خارجه و نماینده مرزبانی در قالب هیاتی برای بررسی ادعای به رودخانه انداخته شدن مهاجران افغان به کابل سفر می‌کنند.
قرارداد کمیساران مرزی بین ایران و افغانستان که در سال ۱۳۳۵ امضا شده است، مبنای حل و فصل چنین مسائلی بین دو کشور است و بارها از ظرفیتهای این قرارداد بهره برداری شده است.
وزارت خارجه افغانستان ۲۹ اردیبهشت اعلام کرد که دو هیأت مرزی افغانستان و ایران تحقیق خود را درباره «به رودخانه انداختن مهاجرین افغان توسط مرزبانان ایرانی» انجام دادند ولی هیأت ایرانی اسناد، شواهد و مدارک طرف افغانستان را قبول نکرده‌اند.
ایران می‌گوید مستنداتی دارد که مدعی‌است وقوع حادثه در حریم این کشور اتفاق نیفتاده است.
سخنگوی وزارت خارجه ایران می‌گوید به لحاظ واقعیات عینی، بر اساس گزارش‌های تایید شده که از مرزبانی دریافت شده، در تاریخ مورد نظر و در محدوده ادعایی نه تنها چنین واقعه‌ای رخ نداده و مواجهه‌ای از هیچ نوع میان نیروهای مرزبانی ایران با اتباع افغان رخ نداده، بلکه این افراد به اردوگاه نیز منتقل نشده‌اند.
آقای موسوی همچنین می‌گوید در آن زمان به دلیل شرایط خاص جوی در منطقه حتی هیچ‌گونه ورود اتباع افغان به خاک ایران ثبت نشده است.
جمهوری اسلامی ایران همچنین این موضوع را به «فتنه استکبار جهانی» و «تلاش رسانه‌های فارسی زبان ضد ایرانی برای تخریب مناسبات دو ملت ایران و افغانستان» نسبت می‌دهد.
رسانه‌های افغانستان در ۱۲ اردیبهشت به نقل از برخی مقامات افغانستان و شاهدان گزارش داد که مرزبانان ایرانی پس از شکنجه حدود ۵۰ مهاجر افغان، آنها را وادار به پریدن به داخل رودخانه هریرود کرده است.
محمد حمید طهماسی، رئیس هیأت تحقیق افغانستان روز شنبه، ۲۷ اردیبهشت، در گفتگو با رئیس جمهوری افغانستان گفته بود که این حادثه بر اساس اسناد، مدارک، شواهد، ویدیوها، تصاویر و اقرار متضررین از نگاه فنی، حرفه‌ای و حقوقی و همچنان بر مبنای اسناد، کنوانسیون‌ها، لوایح و فیصله‌های بین‌المللی بررسی شده است.
بر اساس گزارش اولیه هیئت حقیقت‌یاب افغانستان از میان این افراد ۱۷ تن نجات یافته، ۱۲ تن کشته شده و ۱۷ تن نیز تاکنون مفقود هستند.
از سوی دیگر، در روزهای اخیر برخی از نمایندگان مجلس افغانستان که عضو هیئت حقیقت‌یاب نیز هستند، گفته بودند «مرزبانی ایران جنایت کرده و اگر نپذیرد، علیه جمهوری اسلامی در دادگاه لاهه اقامه دعوا خواهد شد.»
همچنین ۲۵۰ نفر از فعالان سیاسی و مدنی ایرانی روز شنبه ۴ خرداد، با «غیرقابل انکار» خواندن گزارش شاهدان دربارهٔ چگونگی غرق شدن شماری از مهاجران افغان، بابت این رخداد«اظهار شرمساری» کرده و خواستار عذرخواهی رسمی دولت ایران از خانواده‌های قربانیان و همکاری همه‌جانبه برای روشن شدن همه ابعاد این «جنایت» شده بودند.