تولید آلاینده‌های سرطان‌زا از سوی معدن مس سونگون و تخلیه مستقیم آن در طبیعت آذربایجان، سال‌هاست مورد اعتراض فعالان محیط زیست و مردم شهرستان ورزقان واقع شده است اما مسئولان ایران تا کنون توجهی به این اعتراضات نکرده اند.
پیشتر در خردادماه ۱۴۰۲، شهروندان بخش منجوان در شهرستان ورزقان، به‌دلیل تداوم تخلیه پسماندها و مواد آلاینده شیمیایی در رودخانه سونگون‌چای که یکی از سرچشمه‌های رودخانه ایلقاناچای است، اقدام به شکایت از معدن مس سونگون کردند. در اظهارنامه‌ی ثبت شده توسط اهالی روستاهای بخش منجوان آمده است که معدن مس سونگون با تخلیه «پسماندها و املاح مضر معدنی و شیمیایی در رودخانه سونگون، سبب تخریب محیط زیست، آلودگی شدید آب، ورود خسارت‌های جبران‌ناپذیر به مردم، جانداران و محصولات کشاورزی و شیوع بیماری‌های مختلف شده است.»
پیشتر نیز بارها تصاویر و ویدیوهای از آلودگی، تغییر رنگ و تلف شدن ماهی و آبزیان از رودخانه‌های ایلقناچای و پخیرچای بر اثر پسابهای صنعتی معدن مس سونگون منتشر شده است.
تولید آلاینده های سمی و خطرناک و تخلیه آن در رودخانه ایلقاناچای که یکی از مهمترین منابع آبی مردم ورزقان است، تنها یکی از تخلفات معدن سونگون است. معدن مس سونگون بیش از هزار هکتار از بکرترین جنگل‌ها و مراتع قارا‌داغ را تخریب کرده و همچنان درحال‌توسعه و جنگل‌خواری است. تصاویر ماهواره‌ای که از سوی سازمان فضایی ایران منتشر شده است نشان می‌دهد، اراضی جنگلی در اطراف معدن مس سونگون به نفع محدوده تحت استحصال معدن مس تخریب شده است. در طول سال‌های اخیر نیز در ضلع جنوب شرقی محدوده معدن مس سونگون، دریاچه‌ای از پساب این معدن شکل گرفته است.
معدن مس سونگون ورزقان بزرگترین معدن مس جهان است و ۶۰ درصد مس تولیدی ایران از ذخایر این معدن عظیم آذربایجان تامین می شود. حکومت ایران از تولید شمش مس این معدن در آذربایجان جلوگیری کرده و خاک آن به صورت خام به کرمان منتقل شده و در آنجا به شمش تبدیل می کند و سود حاصل از این معدن عظیم آذربایجان به جیب استانهای فارس نشین مرکز ایران می رود. مردم آذربایجان نیز گرفتار تبعات زیست محیطی آن شده اند.
در مهرماه ۱۳۹۹ پورمحمدی استاندار سابق آزربایجان‌شرقی گفت: «هر روز به میزان ۵۰ میلیارد تومان کنسانتره مس از مس‌سونگون ورزقان به کرمان می‌رود اگر همین پول در خود استان بماند اینجا بهشت می‌شود.»
پیشتر احمد علیرضا بیگی نماینده تبریز هم ضمن اذعان به کارشکنی مسئولان ایران در راه اندازی کارخانه مس در آذربایجان و تاراج معدن مس سونگون آذربایجان گفت: «روزانه یک‌هزار تن کنسانتره به ارزش ۲ میلیون دلار از مس‌سونگون ورزقان به خارج از آذربایجان می رود.»
