خصومت میان چین و اویغورها از آنجا دامن زده شد و تا امروز ادامه یافت.
قیام سال ۱۸۶۴ اویغورها علیه سلسله چینگ، آن‌ها را از اویغورستان که حال نامش را کاشغریه گذاشه بودند، بیرون راند. پادشاهی مستقل کاشغریه یا «یِئددی شهر»( هفت شهر) به رهبری یعقوب بیگ، از سوی امپراطوری عثمانی، روسیه و بریتانیا به رسمیت شناخته شد. اما منازعات به این جا ختم نشد.
در جنبشی که یکی از ریشه‌های معاصر درگیری‌های امروز علیه اویغورهاست، یعقوب بیگ علیه مسلمانان مناطق تحت کنترل چین که با اشغالگران همکاری می کرده اند اعلام جهاد کرد. چین در این نبرد به سختی شکست خورد.
اما همانند خاورمیانه پس از جنگ جهانی اول، قدرت‌های جهان آن روز، بریتانیا و روسیه، در ادامه آنچه در تاریخ به نام «بازی بزرگ» شناخته می شود، تمام منطقه آسیای میانه را بدون توجه به ترکیب قومی، فرهنگی و سنتی آن به کشورهایی از جمله افغانستان، ازبکستان، تاجیکستان و… تقسیم کردند. رقابت شدید و اغلب خونین میان روسیه و بریتانیا بر سر کنترل آسیای میانه که اصطلاحا «بازی بزرگ» خوانده می‌شود، از اواسط قرن نوزدهم آغاز شد و تا اوایل قرن بیستم ادامه یافت.
هدف بریتانیا حفظ بزرگ‌ترین مستعمره‌اش، هند بود. برخی تاریخ‌دانان معتقدند این رقابت‌ها هرگز تمام نشده و نمونه آن هجوم نظامی شوروی به افغانستان در دهه ۱۹۸۰ است.
اویغورها، دوبار در سال‌های ۱۹۳۳ و ۱۹۴۴ با کمک استالین موفق شدند استقلال از دست رفته خود را بازپس بگیرند و خود را «جمهوری اول ترکستان شرقی» بنامند. اما چین، با استفاده از عِرق مذهبی مسلمانان مناطق تحت اشغال خود که آن‌ها هم اویغورها را به دلیل رابطه با استالین کافر تلقی می‌کردند، استقلال جمهوری ترکستان شرقی را در هم کوبید.
