از ابتدای خیزش انقلابی مردم گزارش‌های متعددی درباره حمله ماموران امنیتی به مدارس منتشر شده که درنتیجه آن دانش‌آموزان معترض مورد ضرب و جرح قرار گفته و حتی کشته یا زخمی شده‌اند.
یکی از قربانیان حمله به محیط‌های آموزشی هستی حسین‌پناهی است که به گفته شورای هماهنگی تشکل‌های صنفی فرهنگیان، پزشکان از به هوش آمدن او ناامید شده‌اند و به خانواده این دانش‌آموز ۱۶ ساله، که پس از آسیب دیدن به دست ماموران جمهوری اسلامی در بیمارستان کوثر سنندج در کما به سر می‌برد، توصیه کرده‌اند وی را به منزل ببرند.
همچنین ویدیوهای منتشر شده در فضای مجازی نشان می‌دهد حکومت در پاره‌ای از موارد از محیط‌های آموزشی کودکان و نوجوانان برای اسکان جهت سرکوب معترضان استفاده کرده است.
این در حالی است که مجید میراحمدی، معاون امنیتی و انتظامی وزیر کشور در اواسط مهرماه گفت: «هیچ نیروی لباس شخص درون مدارس وجود ندارد و هیچ دانشجویی توسط لباس شخصی دستگیر نشده است و هیچ نیروی لباس شخصی نیز به داخل دانشگاه ورود نداشته است.»
با این وجود شورای هماهنگی تشکل‌های صنفی فرهنگیان ایران از «حضور مداوم لباس شخصی‌ها، از نهادهای مختلف و به ظاهر فرهنگی در مدارس به عنوان مبلغ، به قصد توجیه اقدامات حکومتی برای دانش‌آموزان» خبر داد و افزود «ورود و حضور نیروهای امنیتی و نظامی به مدارس، تحت هر عنوان، اقدامی غیرقانونی است و تجاوز به حریم مراکز آموزشی محسوب می‌شود».
