یكی از سنگین ترین جنایات علیه مردم غیرنظامی در طول دهه ها حمله ارامنه به آذربایجان، اشغال خوجالی بود. پیش از این درگیری، این شهر واقع در منطقه قره باغ کوهستانی آذربایجان محل زندگی ۷ هزار نفر بود. در اکتبر ۱۹۹۱، این شهر به طور کامل توسط نیروهای مسلح ارمنستان محاصره شد. در شب ۲۵ و ۲۶ فوریه ۱۹۹۲، بدنبال حملات گسترده توپخانه ای، نیروهای مسلح ارمنستان با کمک هنگ ۳۶۶ مکانیزه اتحاد جماهیر شوروی سابق خوجالی را اشغال کردند. مهاجمان خوجالی را نابود کردند و با بی رحمی خاص خود، نسل کشی مردم غیرنظامی آذربایجان را انجام دادند.
بر اساس آماری که توانسته شده بصورت رسمی نسل کشی خوجالی را مستند کد، در طول اشغال خوجالی ۵ هزار و ۳۷۹ نفر به زور اخراج شدند، ۱ هزار و ۲۷۲ نفر به اسارت در آمدند و مورد شکنجه قرار گرفتند (۱۵۰ نفر از آنها، از جمله ۶۸ زن و ۲۶ کودک، که سرنوشت آنها هنوز مشخص نیست)، ۴۸۷ نفر زخمی شدند و ۸ خانواده به طور کامل نابود شدند. ۱۳۰ کودک یکی از والدین‌های خود و ۲۵ کودک هر دو والدین خود را از دست دادند و ۶۱۳ نفر از جمله ۶۳ کودک، ۱۰۶ زن و ۷۰ فرد مسن به طرز وحشیانه ای به قتل رسیدند.
تمام واقعیت های موجود در مورد حوادث دلخراش خوجالی به وضوح ثابت می کند که جنایات انجام شده در این شهر آذربایجان یک عمل معمولی و تصادفی نبوده بلکه بخشی از سیاست های خشونت آمیز ارمنستان بوده است. کشتار هدفمند غیرنظامیان در خوجالی جنایتی بود که از سیاست نفرت قومی و تبعیض نژادی علیه آذربایجانی ها در ارمنستان در سطح حکومتی ناشی می شد و هدف آن کشتار مردم به دلیل قومیت آنها بود.
جنایت‌هایی که بر علیه صلح و بشریت توسط ارمنستان به عنوان بخشی از سیاست تجاوز علیه آذربایجان و نسل کشی خوجالی، نقض قوانین حقوق بشر بین المللی، به ویژه کنوانسیون ۱۹۴۹ ژنو، کنوانسیون پیشگیری و مجازات جرم نسل‌کشی، قانون بین المللی حقوق مدنی و سیاسی، میثاق بین المللی حقوق اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی، کنوانسیون مبارزه با شکنجه و سایر مجازاتهای بیرحمانه، غیرانسانی یا تحقیرآمیز، کنوانسیون بین المللی حذف انواع اشکال تبعیض نژادی، کنوانسیون حقوق کودک و کنوانسیون حقوق بشر و نقض جدی کنوانسیون حمایت از آزادی های اساسی است.
در حال حاضر، مجالس قانونگذاری ملی ۱۷ کشور و همچنین ۲۳ ایالت آمریکا قطعنامه ها و تصمیماتی را در محکومیت کشتار غیرنظامیان در خوجالی و ارزیابی آن به عنوان یک جنایت علیه بشریت تصویب کرده اند. در عین حال، سازمان همکاری اسلامی و شورای همکاری کشورهای تورک زبان قطعنامه ها و بیانیه هایی شدیداللحن را به محکومیت نسل کشی خوجالی تصویب کرده اند.
دادگاه حقوق بشر اروپا در تصمیم خود در ۲۲ آوریل ۲۰۱۰ به این نتیجه مهم رسید که رفتار افرادی که در حمله به جنایت خوجالی دست داشته اند برابر است با جنایات جنگی یا جنایت علیه بشریت.
مطابق با مجازاتهای کیفری حقوق بین الملل، علاوه بر مسئولیتهای جمهوری ارمنستان در مورد فعالیتهای مغایر با قوانین بین الملل، برخی اعمال ارتکابی در زمینه درگیری مسلحانه، از جمله مواردی که در خوجالی مرتکب شده اند، ارتکاب جرم بین المللی محسوب می شوند. افرادی که در ارتکاب این اعمال مشارکت داشتند و همچنین افرادی که با آنها در ارتباط بودند/هستند و به آنها کمک کرده‌اند/می‌کنند، نیز مسئولیت فردی در این ارتکاب جرم دارند. با این حال، تا به امروز، هیچ یک از کسانی که مستقیماً در فاجعه خوجالی و سایر جنایات مشابه علیه بشریت نقش داشته اند، در ارمنستان مورد پیگرد قانونی قرار نگرفته است.
سرژ سرکیسیان وزیر دفاع وقت ارمنستان و رئیس جمهور سابق ارمنستان با پذیرفتن جرم خود در مصاحبه ای با توماس دو وال، روزنامه نگار انگلیسی گفت: «قبل از خوجالی، آذربایجانی ها فکر می کردند ارمنی ها مردمی هستند که نمی توانند به مردم غیرنظامی حمله کنند. ما این کلیشه را شکستیم » (توماس دو وال، قره باغ: ارمنستان و آذربایجان در مسیر صلح و جنگ (انتشارات دانشگاه نیویورک، ۲۰۰۳، ص ۱۷۲).
هدف قرار دادن هدفمند مردم غیرنظامی آذربایجان و جنایات بشری علیه آنها در طی عملیات نظامی انجام شده توسط ارمنستان از ۲۷ سپتامبر تا ۱۰ نوامبر سال ۲۰۲۰ ادامه داشت. ارمنستان با هدف قرار دادن غیرنظامیان و زیرساخت های غیرنظامی شهرهای آذربایجان مانند گنجه، برده و ترتر، که دور از خط مقدم جبهه درگیری هستند، به همان شیوه های تروریستی قبلی خود که در سال ۱۹۹۲ متوسل شده بود، اینبار در سال ۲۰۲۰ متوسل شد. استفاده از انواع مدرن سلاح های جنگی و موشکی، منجر به کشته شدن بسیاری از غیرنظامیان آذربایجانی شد. هم نسل کشی خوجالی در سال ۱۹۹۲ و هم موشک‌باران جمعیت غیرنظامی در سال ۲۰۲۰ به وضوح سیاست هدفمند ارمنستان در مورد خشونت علیه آذربایجانی ها را نشان می دهد.
جمهوری آذربایجان معتقد است اقدامات مداوم در سطح ملی و همچنین در چارچوب قوانین بین المللی موجود، به مصونیت از مجازات خاطیان این نسل‌کشی پایان داده و به محاکمه افرادی که در جنایات جدی ارمنستان علیه آذربایجان مشارکت داشته‌اند، خدمت خواهد کرد.
